㈦ 负责管理科技外事工作，组织协调自治州的国际、国内科技合作与交流活动。
㈧ 牵头负责全州科学技术普及工作，拟订科学技术普及工作规划，实行政策引导并进行督促检查，推动科学技术普及工作发展。
㈨ 负责自治州技术市场管理工作，归口管理各类科技机构，指导自治州民营科技企业和科技第三产业的发展，促进科技咨询、招标、评估等社会中介组织的发展，建立健全科技服务体系；负责自治州科技成果管理、科技宣传及统计等工作。
㈩ 指导、协调各县市、各部门的科技管理、“科技兴博”和“科技兴县（市）”等工作，推动行业科技进步。
（十一） 承办自治州人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，自治州科学技术局设2个内设机构：
㈠ 办公室。
组织协调机关的日常工作，组织起草综合性文稿，负责会议组织、文电处理、政务信息、政务公开、依法行政、组织人事、固定资产、财务、档案、保密、信访、老干、后勤服务等工作；负责机关精神文明、计划生育、综合治理、效能建设等工作。
㈡ 科技管理科（技术市场管理办公室）。
拟订自治州科技规划、计划及有关科技工作措施、办法；负责各类科技项目、科技成果管理；负责民营科技企业和技术市场管理；负责全州技术贸易、技术合同认定登记等工作；组织协调科普工作；指导县市科技工作；负责科技统计、科技保密和外事科技管理等工作；拟订自治州科技成果鉴定、登记、评选、奖励、技术保密的管理办法并组织实施；负责自治州科技奖励工作。
纪检（监察）组：负责机关及直属事业单位党的纪律检查和行政监察工作。
四、人员编制和领导职数
自治州科学技术局机关行政编制8名。其中：县级领导职数4名（含纪检组长，1名副局长兼任知识产权局局长），内设机构科级领导职数2名。
按规定核定机关工勤事业编制2名。
五、事业单位
㈠ 博尔塔拉蒙古自治州科技开发中心。相当于副县级，全额拨款事业单位，隶属于自治州科学技术局管理。列全额事业编制8名，其中：领导职数3名（副县级1名，正科级2名）。
