（一）行政程序的独立价值和实质法治主义的弊害
实质法治主义的思潮无论在英美国家和大陆法法系国家都受到质疑。实质法治主义的最大问题是人们很难就何为实质的正当性达成一致的观点，这从古今中外的法学家所提出的纷繁复杂的正义理论可瞡一斑，在无法就实质正当性达成一致共识的情况下，通过程序正义来实现法制秩序就成为现实的选择。把这种程序正义的理论运用到行政法中，就不能把行政程序仅仅看作是为实体合法性提供服务的手段，他本身具有独立的价值。行政程序正当是行政法治的必然要求，没有程序的合法性行政法治便无从实现，程序保障并体现了独立于实体的过程价值（process value) ，这些价值包括参与、对个人尊严的尊重、公平、人道以及程序理性等{7}。行政程序的功能不仅仅在于其对行政行为实体正当性和合法性的服务，行政程序本身就是行政行为获得政治合法性的依据之一，即行政程序本身具有自在的目的性{8}。某种程度上，即使行政行为的实体内容不具备恰当性和正当性，行政程序的本身的合法性可使这一行政行为获得政治的合法性。
从行政程序的独立价值的角度出发，违法行政行为效力矫治制度的引入就不是当然地具有合理性。因为违法行政行为效力矫治制度允许行政程序违法的行为通过事后的补正制度获得合法性，这与行政程序独立价值的理念是格格不人，因为这会损害行政程序的独立价值，使行政程序丧失有效性和严肃性，成为服务于实体合法性的工具。
（二）民法与行政法的不同法理
民法从鼓励交易的角度出发，在不损害善意当事人的权益的前提下，应当尽可能地使民事行为生效，以此来促进交易的发生，这在民法中是没有任何问题的。因为民法属于私法，私法中的基本原则是私法自治，只要法律不禁止的就可为，违法的行为只要能兼顾公平的价值理念，不撤销此民事行为或不宣告此民事行为无效就是理所当然的。但是，行政法最基本的原则是法律优位和法律保留原则，行政机关的行为须符合法律的规定，只有在法律依据的情形下才能进行相应的行为。而且，行政法不同于民法的另一个显著特征是其包含大量的程序性规范，这些规范不是诉讼程序规范，而是行政机关颁发行政行为所须遵循的。居于上述行政法的特殊法理，把民法中的违法行为效力矫治制度搬到行政法中并非是理所当然的。
（三）与我国行政法制的现实迫切任务不符
虽然把违法行政行为的追认、补正等违法行政行为效力矫治的具体制度引入我国的讨论已经不少，但论者都忽略了一个现实，那就是西方行政法制与我国行政法制的现实任务并不完全一致。在西方国家，行政机关依法办事，依程序办事早已蔚然成风，其行政改革所要面临的主要课题是提高行政效能。反观我国，提高行政效能和贯彻行政正当程序的双重任务都需在行政改革中实现，但现实的问题是行政正当程序往往被行政效能所压倒和牺牲，所以在引人追认、补正制度时，应该谨慎为重，否则，违法行政行为效力矫治制度极有可能成为中国贯彻行政正当程序原则的绊脚石。因为我国的现实是许多行政程序的规定很难成为刚性的规定，加强行政程序的刚性从而促进正当行政程序应当是我国行政法治的首要任务。如果形式的违法性可以通过效力矫治制度得以获得合法性，这无疑会削弱我国本来就薄弱的行政程序意识，使行政程序法的立法目标成为镜中月、水中花。
