第二，由于没有明确公安司法机关在立功认定中的责任，导致被告人提供的立功线索以及提出的立功请求往往难以转化成立功成果。现实中，公安机关往往以“经费不足”、“提供的线索不能查明”为由，草草结案，因此从被告人掌握的立功信息到立功成立还有很长一段距离。对身陷囹圄的被告人而言，如果没有公安机关的协助，这一距离就有如天堑。可见，能否立功的关键在公安机关。这就必须从程序法的角度规定公安机关对查明事实的义务，否则立功制度的执行就会大打折扣。如果立功信息未通过公安机关的侦查转化为对犯罪的打击，必然导致身处底层的人被判处死刑，而幕后的人仍逍遥法外、继续危害社会。因此，对于立功信息查证，需要公诉机关从反向的角度证明立功所指信息不存在并达到排除合理怀疑的程度，被告人只有提交证据的责任而没有说服责任。
2．对共犯的处理
毒品犯罪往往以共犯的形式出现，一般而言，大毒枭往往隐藏在幕后，利用前台“马仔”实施犯罪。司法实践中，被抓获并判处死刑的往往是那些身处底层的人，而真正的毒枭则逍遥法外。而当前的司法实践往往在主犯未到案的情况下，将在整个案件中处于从属或辅助地位的人作为主犯处理。使事实上的从犯也具有了被判处死刑的可能，无疑是不妥当的。
从刑罚目的的角度分析，由于在某些毒品犯罪中运输毒品的人犯罪中处于辅助或从犯地位，起次要或辅助的作用，且参与运输毒品的大多是社会底层的人员，其犯罪动机是赚取为数不多的经济利益。对这些人适用极刑，既不能使他们不敢犯罪，也不能震慑那些毒枭、职业毒贩。对于前者，如果他们不能摆脱贫困，那么他们仍旧会不断受毒枭的利诱参与运输毒品；对大毒枭而言，抓获身处底层的“马仔”，只不过给他们增加一些成本而已，对于预防他们犯罪则无任何实质意义。
因此，在共同犯罪中，如果不严格地追查幕后的指挥和控制者，仅以身处底层的运输者的生命回应各方面对具体案件的关注，则会错过追查幕后毒枭的机会。而总是放虎归山，就会导致毒品犯罪屡禁不止。因此，对“马仔”等处于从属地位的罪犯适用死刑，不利于毒品犯罪的整体预防。而当前的司法实践中往往单从形式的角度考虑多，以毒品数量为根据将身处底层的运输者判处死刑并草率结案，对于幕后的老板则不了了之。这样会导致产生对于毒品犯罪预防毫无意义的死刑判决。
因此，对于经常出现幕后控制的运输毒品罪的情形，即对于有证据证实是为他人运输毒品的，即便所涉毒品犯罪的数量达到适用死刑的数量，基于对其在整个毒品犯罪体系中的地位考虑，一般不应判处死刑。在证明责任方面，只要被告人提供的证据显示幕后的指使者有可能存在（不需要达到排除合理怀疑甚至优势证据的标准），公安司法机关有义务查明其所指事实，否则，只能按照从犯处理。
3．死刑与其他措施之间的协调
针对毒品犯罪适用死刑，还必须注重死刑与其他刑罚之间的协调以及刑罚与非刑罚措施的协调。据调查，绝大多数毒品犯罪分子从事毒品犯罪活动都是为了追求非法的经济利益；侥幸心理与经济利益的驱动结合，是毒品犯罪的主要心理动因。因此，财产刑对于毒品犯罪的预防具有积极作用。彻底摧毁犯罪分子的经济基础，是预防毒品犯罪的重要举措。如果判处财产刑能够实现刑罚目的，就不应过于依赖死刑以预防犯罪。
当然，财产刑对于犯罪的预防作用，只有在剥夺犯罪行为本身带来的经济利益的前提下才能充分地发挥。因此，必须严格执行《刑法》第64条的规定，追缴毒品犯罪分子通过毒品犯罪活动获得的财物，同时没收毒品等违禁品和犯罪工具等供犯罪所用之物。如果这些规定不能得到严格地执行，则财产刑就不是对犯罪人个人财产法益的剥夺，而是对犯罪收益的（部分）剥夺，这就无法起到惩罚的效果，甚至会鼓励毒品犯罪分子通过犯罪获取更多地经济利益。因此，应通过各政法机关的配合，除对被告人的违法所得应当依法追缴之外，还要严格依法对被告人判处罚金或没收财产刑。因此，司法机关应查明被告人的财产状况，并及时采取措施查封、冻结财产，以保证财产刑的适用。
