（三）水行政听证主持人法律地位的缺失
《
水行政处罚实施办法》第
39条规定：听证主持人由水行政处罚机关指定水政机构非本案调查人员担任。《长江水利委员会水行政听证制度》第12条规定：听证主持人由听证机构指定非本案件调查人员或非审查该行政许可申请的工作人员担任，负责组织和主持听证会。水行证听证主持人作为听证活动中举足轻重的人物，其独立性是听证制度的核心内容。程序公正的条件之一是程序中立，裁判应在争端的各方参与者之间保持一种超然和无偏袒的态度和地位，不得对任何一方存在偏见和歧视。否则听证会就会呈现出一边倒的形式，听证会也会因此无法发挥出其应有的作用。然而，纵观这些部门规章，其规定所采取的只是行政机关内部职能分离，即在同一行政机关内部由不同的机构或者人员分别行使许可申请的审查与裁决权力的一种制度。这种内部职能分离是基于审理行政许可案件所需要的行政专业性知识，提高行政效率的考虑而设计的。这种做法比起职能不分有较大的优越性。但是从行政许可申请人和利害关系人的角度看，仍存在违反自然公正的嫌疑。因为，我国的听证主持人是由行政机关内部的非许可审查人员担任，并由行政机关负责人指定。其职权仅仅是具体组织和主持听证过程，而无权作出行政处罚决定，具有地位的依附性，这样会影响听证主持人的责任意识和作出公正、客观的判断，使之很难不受外界影响而独立主持听证。另外，由于“审查行政许可申请的工作人员以外的人员”的范围十分广泛，即可以是负责行政许可审查部门的其他人员，也可以是机关首长，还可以是本机关其他部门得人员，并且在实际操作中，大多数将听证主持人定位于本行政机关的法制机构工作人员。这样，难以避免这类人员与调查人员的接触及受到影响，难以保证听证主持人处于中立和公正超然的地位。
此外，我国相关法律虽然规定听证主持人要职能分离，但没能避免听证主持人设置中的临时性的缺陷。同时由于没能建立稳定的听证主持人队伍，听证主持人的指定具有一定的随机性, 导致具有良好经验的听证主持人并不能将其积累的主持经验充分发挥。另外, 根据权责相结合的原则, 没赋予听证主持人对行政许可的建议权, 却让其承担一定的责任, 是显失公平的, 也不利于调动其积极性。
