1.“黑人黑户”问题。在上世纪五十年代至八十年代期间，户籍制度在实施中基本上没有出现突出的弊端或问题；但是，自上世纪八十年代以后我国将计划生育作为基本国策、并实行《准生证》制度，要求对新出生人口进行户口登记时要审查其是否具有《准生证》以后，以及我国实行改革开放政策以来我国出现了人员大流动以后，“黑人黑户”问题就出现了、并逐渐为广大社会公众所关注。
所谓“黑人”，就是指那些由于没有被登记在户口档案中的人。“黑人”的来源有两个，一是在计划生育制度实施后没有获得《准生证》的超生婴儿；二是由于其他原因而失去了户口管理档案中户籍登记的人。由“黑人”组成的家庭，就是“黑户”。据《工人日报》在2005年的一则新闻披露，“从上个世纪70年代以来超生情况和公安机关、统计部门及人口计生部门的统计差别来看，我国大概有1000万左右没有户口的‘黑人’。”[3]
“黑人黑户”现象的存在，首先是直接导致以户口登记资料为依据的人口统计数据失灵。为了解“决黑人黑户”所引发的户口统计数据不准的问题，户籍部门不得不在全国人口普查期间采取“赦免”的方式，对“黑人黑户”进行补登。其次，由于户籍制度与社会福利、个人发展等相交炽，没有被户口部门登记的黑人黑户不能办理身份证与户口簿，从而在接受教育、就业、办理保险、购车购房、结婚登记等方面受到影响，不能享受正当情况下的相关社会福利和个人发展机会，现行户籍制度成为“黑人黑户”受损的重要原因。
2.“常住都市的暂住人口”问题。暂住人口，本来是指离开户籍所在地，在非户籍所在地短暂居住的人。所谓常住都市的暂住人口，就是指长期在某一城市里工作、经商，却不能拥有该城市户籍的人。 根据相关资料，在我国北京、上海、深圳等大城市，都拥有大量的“常住都市的暂住人口”。
“常住都市的暂住人口”，主要包括两类人，第一类是在大城市里务工、经商却没有该城市户籍的人。如果没有通过该城市户籍部门的审批，即使这些人在所居住的城市里拥有了自己购买的房子，拥有了自己的企业，生了自己的后代，居住了很多年，仍然只能算作是暂住人口。第二类就是第一类人的后代，他们由于父辈在大城市里务工、经商而长年生活在大城市，与大城市的孩子一起生活、一起成长，除了不拥有大城市户籍外，几乎没任何区别。
“户籍身份的界定与转变的限制，使公民的初始机会不平等，并影响人的发展。”[4]“常住都市的暂住人口”是现行户籍制度中的户籍审批所造成的社会现象。由于我国户籍制度与社会福利制度、教育制度、就业制度、以及其他管理制度互为前提与条件，“常住都市的暂住人口”及其后代在入学教育、就业、个人发展方面受到限制或遇到不利条件；造成“常住都市的暂住人口”的平等权被剥夺、甚至滋生一种“相对剥夺”的情绪。
随着社会的发展，“常住都市的暂住人口”已经形成一个庞大的社会群体，这个群体长期处于“人户分离”状态——被排除在城市主流社会之外，不但造成户口统计资料失真，而且成为城市（流入地）社会稳定的长远隐患。
3.城乡对立、分裂。“乡——城户口划分奠立了城乡分治的二元结构，使城市和乡村在利益格局上形成巨大反差，助长了地缘群体和地方保护意识，阻碍了社会整合和良性运行。”[5]
