上述营业活动中的警察许可与公企业特许的区别为许可与特许最为典型的区别。但两者的不同不仅仅限于此，这一区别遍及国家行使行政权所涉及的各个领域。例如在对国家的教科书检定行为的性质认定方面，东京地方法院在1989年10月3日第3次家永诉讼***判例时报临时增刊1990年2月15日号。有关家永诉讼的基本概况，中文资料可参见李秀清：《日本的家永诉讼及其引起的宪法论争》，《法学》1998年增刊，第64页。**的判决中指出： “教科书……是用于学校教育的主要教材，其供身心尚未完成发育的儿童、学生使用，同时这种使用也是被要求履行的义务。对此，要求根据儿童、学生身心发育的阶段状况选择以及组织安排适当的内容，且该内容中应能够确保一定的水准、正确性、中立和公正等等。就这些要求而言，教科书是一种具有不同于一般图书性质的特殊图书。因此，从国民的出版自由在
宪法上受保障的规定中不能当然地推导出国民有出版教科书的自由。……所以，对提出检定申请，请求解除设于国民拥有的教科书出版权利上的禁止的许可行为说，本院不予支持。
同时，即使从事情的性质、以及本案中的实施检定时的检定基准来看，教科书检定行为也不是行政机关能够按照客观基准毫无异义地对是否正确进行判断的行为。因此本院也不采用确认行为说。
因此，……从教科书检定的程序和运作过程来看，教科书检定是文部大臣对新著的图书或既著但尚未发行的特定图书，依其著作者或发行者的申请，就能否设定其在高等、中等学校中作为教科书使用的法律上的资格进行审查决定的行政处分。由于上述法律上的资格是由检定合格处分所设定的，因此其法律性质应该理解为是一种特许行为。”
最高法院的这一判决明确地提出了特许与许可的基本区别。另外，许可与特许除了上述的不同之处以外，概括而言，在功能方面两者有以下两点基本的不同：
(1)在权利的性质方面，由特许所设定的当事人的法律地位作为权利而受到法律的保护，因此，当自己所获得的特许在行使中受到妨碍时，特许的获得者可请求法律救济。但是与作为恢复原本具有的自由，因而在与行政机关的关系方面该自由权应得到强烈保护的许可相比，因特许而获得的权利是一种特权，不具有许可中自由权那样的强有力地位。例如行政机关可以根据外在、优越的公益的需要撤回已赋予的特许。
(2)在行政机关的裁量方面，许可中被承认的裁量是羁束裁量。与此相对，特许中的裁量是自由裁量。但是需要指出的是，这里所谓的羁束裁量和自由裁量的区别只是相对的，日本战后建立的司法制度的性质决定了即使是自由裁量，在是否存在裁量的滥用或裁量权限逾越的方面也应受到司法审查***1962年5月16日通过，当年10月1日施行的日本国《行政事件诉讼法》第30条规定“行政厅的裁量处分存在超越裁量权的范围或滥用时，法院可以撤销该处分。”。该规定在制度上使羁束裁量与自由裁量出现了相对化的趋向。相关判例主要有1963年12月25日东京地方法院群马中央公共汽车案（行政案件判例集第14卷12号，第2255页）、1988年7月14日最高法院公益法人设立许可案（判例时报1297号，第29页）。**。
（二）认可
在日本行政法中，认可是指行政机关补充第三者的合同行为、共同行为等法律行为，使其完成法律上的效力的行为。例如农地权利转移的许可、河川占用权转让的批准，土地改良区的设立认可、公共性企业的标准合同和合并的认可等以及建筑协定的认可、绿化协定的认可就属于行政法上的认可。由于认可是从立法政策的需要出发，通过行政意思的表示使其他法律主体间的法律行为发生效力的一种行政介入手段，因此未经认可的合同不发生效力，行政以此方法达到规制目的。尽管在法律性质上认可与许可不同，但在法律的具体规定中也存在着两者性质并存的行为，即未经许（认）可的行为既可成为处罚对象，同时该行为还可被认为是无效的。
